La capitale de l'empire mongol (années 1230 à 1260)
Une muraille est édifiée, car c’était le symbole de toute ville. Plus tard, Marco Polo mentionne un simple remblai de terre. Quatre portes s'ouvrent sur les quatre points cardinaux. Deux énormes statues en granit représentant des tortues, avec des inscriptions de style sinisant, ornent la porte Est qui conduit vers la Chine.
Karakorum est ouverte à tous les cultes et tous les peuples de l’Empire. Ses habitants sont d’ailleurs presque tous des étrangers, car les Mongols refusent la sédentarisation. Deux grands quartiers dominent : celui des Chinois et celui des Sarrasins, pour l’essentiel des artisans et artistes. La capitale mongole montre une grande qualité de vie. Les archéologues y ont repéré des systèmes de chauffage par air chaud, des canaux d’irrigation et d’adduction d’eau. L’agriculture apparaît à proximité de la cité pour nourrir les habitants, mais Karakorum dépend des importations agricoles venues de Chine.
Le palais impérial, s’élève au centre d’une cour qu’entourent plusieurs enceintes, la plus grande mesurant 200 mètres sur 225. Un tertre haut de 28 mètres accueille la yourte impériale. Le grand khan siège au chevet, assis comme un dieu au-dessus des sujets sur un podium avec deux escaliers d'accès. Mais le palais mongol reste dans l'ensemble très simple. Il traduit les premiers pas hésitants d’un peuple qui ignore encore tout de l’architecture et de l’urbanisme
En 1256 Möngke, le quatrième grand khan, fait construire une immense stupa de cinq étages, haute de cent mètres, qui révèle les faveurs que les Mongols accordent au bouddhisme.Dans les années 1260, Kubilai, cinquième grand khan, transfère la capitale impériale en Chine.
La ville connaît une période de prospérité au début du xive siècle. Après la fin de la dynastie Yuan en 1368, elle sert de résidence à Biligtü Khan. En 1388, les troupes Ming prennent et détruisent la ville.
Karakorum est habitée au début du xvie siècle, époque où Dayan Khan en fait sa capitale. Dans les années qui suivent, la ville change de mains à plusieurs reprises et est finalement définitivement abandonnée.
Le sanctuaire bouddhique de l'Erdene Zuu
En 1585, un monastère bouddhique est construit non loin du site de la ville, l'Erdene Zuu, sur ordre du prince Abadai Khan juste à l'extérieur de l'enceinte des ruines de Karakorum.
Durant des siècles, Erdene Zuu a été le sanctuaire religieux le plus important de Mongolie.
Au début du xxe siècle, on compte plus de 700 temples et habitations (à l'extérieur de l'enceinte) pour près d'un millier de moines. Partiellement détruit dans les années 1930 par l'armée soviétique, le site a été restauré à la fin du siècle et a retrouvé en partie son aspect religieux.